Το Κ.Π.Ε. Αρναίας ιδρύθηκε από το ΥΠ.Ε.Π.Θ. το Μάιο του 1998 και άρχισε να λειτουργεί το Φεβρουάριο του 1999.
Σήμερα λειτουργεί στο πλαίσιο της Πράξης «Κέντρα Εκπαίδευσης για το Περιβάλλον και την Αειφορία (Κ.Ε.ΠΕ.Α.)» με κωδικό ΟΠΣ 6004470, του Προγράμματος «Ανθρώπινο Δυναμικό και Κοινωνική Συνοχή» η οποία συγχρηματοδοτείται από την Ευρωπαϊκή Ένωση (Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο - Ε.Κ.Τ.+) και από εθνικούς πόρους . Φορέας υλοποίησης του έργου είναι το ΙΝΕΔΙΒΙΜ.

Στεγάζεται στην Μαθητική Εστία Αρναίας και παρέχει τη δυνατότητα φιλοξενίας εκπαιδευτικών ομάδων, υλοποιώντας μονοήμερα και πολυήμερα εκπαιδευτικά προγράμματα σε πεδία της ευρύτερης περιοχής και στον παραδοσιακό οικισμό της Αρναίας. Οργανώνει και υλοποιεί επιμορφωτικά σεμινάρια για εκπαιδευτικούς, συντονίζει το Ε.Θ.Δ. "Μέλισσας έργα, ανθρώπων αγαθά"  και το Σχολικό Δίκτυο Δράσης "Ταπερίστας". Αναπτύσσει συνεργασίες με φορείς της Τ.Α. Πανεπιστήμια, Ιδρύματα και Θεσμικούς Φορείς.