Το Κ.Π.Ε. Αρναίας ιδρύθηκε από το ΥΠ.Ε.Π.Θ. το Μάιο του 1998 και άρχισε να λειτουργεί το Φεβρουάριο του 1999.
Σήμερα λειτουργεί στο πλαίσιο της Πράξης «ΚΕΝΤΡΑ ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗΣ ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗΣ (ΚΠΕ) – ΠΕΡΙΒΑΛΛΟΝΤΙΚΗ ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ» που υλοποιείται μέσω του Επιχειρησιακού Προγράμματος «ΑΝΑΠΤΥΞΗ ΑΝΘΡΩΠΙΝΟΥ ΔΥΝΑΜΙΚΟΥ, ΕΚΠΑΙΔΕΥΣΗ ΚΑΙ ΔΙΑ ΒΙΟΥ ΜΑΘΗΣΗ» με τη συγχρηματοδότηση της Ελλάδας και της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Φορέας υλοποίησης του έργου είναι το ΙΝΕΔΙΒΙΜ.

Στεγάζεται στην Μαθητική Εστία Αρναίας και παρέχει τη δυνατότητα φιλοξενίας εκπαιδευτικών ομάδων, υλοποιώντας μονοήμερα και πολυήμερα εκπαιδευτικά προγράμματα σε πεδία της ευρύτερης περιοχής και στον παραδοσιακό οικισμό της Αρναίας. Οργανώνει και υλοποιεί επιμορφωτικά σεμινάρια για εκπαιδευτικούς, συντονίζει το Ε.Θ.Δ. "Μέλισσας έργα, ανθρώπων αγαθά" και αναπτύσσει συνεργασίας με φορείς της Τ.Α. Πανεπιστήμια, Ιδρύματα και Θεσμικούς Φορείς.